巴氏殺菌的工藝流程：

在一定溫度范圍內，溫度越低，細菌繁殖越慢；溫度越高，繁殖越快。但溫度太高，細菌就會死亡。不同的細菌有不同的最適生長溫度和耐熱、耐冷能力。巴氏消毒其實就是利用病原體不是很耐熱的特點，用適當的溫度和保溫時間處理，將其全部殺滅。但經巴氏消毒后，仍保留了小部分無害或有益、較耐熱的細菌或細菌芽孢，因此巴氏消毒牛奶要在4℃左右的溫度下保存，且只能保存3~10天，最多16天。

當今使用的巴氏殺菌程序種類繁多。“低溫長時間”(LTLT)處理是一個間歇過程，如今只被小型乳品廠用來生產一些奶酪制品。“高溫短時間”(HTST)處理是一個“流動”過程，通常在板式熱交換器中進行，如今被廣泛應用于飲用牛奶的生產。通過該方式獲得的產品不是無菌的，即仍含有微生物，且在儲存和處理的過程中需要冷藏。“快速巴氏殺菌”主要應用于生產酸奶乳制品。目前國際上通用的巴氏高溫消毒法主要有兩種：

一種是將牛奶加熱到62~65℃，保持30分鐘。采用這一方法，可殺死牛奶中各種生長型致病菌，滅菌效率可達97.3%~99.9%，經消毒后殘留的只是部分嗜熱菌及耐熱性菌以及芽孢等，但這些細菌多數是乳酸菌，乳酸菌不但對人無害反而有益健康。

第二種方法將牛奶加熱到75~90℃，保溫15~16秒，其殺菌時間更短，工作效率更高。但殺菌的基本原則是，其全部殺滅。但經巴氏消毒后，仍保留了小部分無害或有益、較耐熱的細菌或細菌芽孢，因此巴氏消毒牛奶要在4℃左右的溫度下保存，且只能保存3~10天，最多16天。

生奶驗收→凈化→生奶預殺菌（137℃，4s）→白砂糖、增稠劑等混料（50～55℃，20分鐘攪拌）→均質（60-65℃，一級壓力16.5±0.5MPa，二級壓力3.5±0.5Mpa）→殺菌（90~95℃，5分鐘）→冷卻到42-43℃→接種發酵、添加香精（恒溫42 ~ 44℃至發酵終點，酸度73~75°T）

→發酵停止→翻缸冷卻（18-20℃左右）→暫存缸（18 ~ 20℃，粘度＞0.70Pa.s）→第二次巴氏殺菌（75℃，保溫25秒）→冷卻→無菌灌裝、封口（23 ~ 25℃，酸度75~80°T）→出庫